当解放军炮火封锁长江航道后，国民党海军海防第二舰队司令林遵率大小舰艇25艘在南京长江下游的笆斗山江面起义。这次起义也是在中共地下党的策动下举行的。林遵是福州人，英国皇家海军学院毕业。中国海军最初是在福建发展起来的，所以海军军官中福建人最多。1948年底，海防第二舰队被调入长江，官兵们对打内战都表示厌恶。这时，林遵的同学、国民党海军司令部官员郭寿生受地下党委托来镇江基地找林遵，要他率领舰队起义。林遵认清了形势，知道国民党大势已去，就联系了几位思想进步的舰长，等待时机。解放军发起渡江战役前夕，林遵派人通知我党联系人舰队将要起义，并告知适宜渡江的地域，避免冲突。20日夜解放军开始渡江后，海军总司令桂永清命令林遵率舰队马上去芜湖，阻止解放军渡江。林遵拖延时间，没有执行。22日解放军已全面渡江，桂永清又在下关召集南京江面的舰长们开会，要他们当晚冲出长江，逃往上海。“永绥”舰舰长邵仑是起义组织者之一，借故拖延，使各舰未动。桂永清命令林遵马上去南京，带领舰队下行。23日晨，林遵乘“永嘉”舰到达笆斗山，召集舰长们开会。向大家说明了形势和起义的意向，征求各位意见，结果主张走和留下的各占一半。林遵宣布起义，派人起草文告。几个顽固的舰长密谋后于傍晚起锚，有的舰不明真相也跟着开走。林遵用报话机呼叫，四舰返回，七舰逃跑。林遵派参谋到浦口与35军接洽起义，24日凌晨，第二舰队起义成功。停泊在镇江的江防舰队23艘舰艇也随即投降。这些舰艇后来成为新中国海军的基础。
第10兵团渡江时，东集团的另外一翼第8兵团也开始了渡江作战。21日20时，20军自三江营渡江；22日，34军由仪征至扬州段渡江；21日夜间，35军向江浦和浦口之敌发起攻击，22日晨，敌军获悉解放军主力已经过江，害怕被歼，逃往南京，江浦、浦口随即解放。
35军主要是由济南起义的吴化文部队改编而来，并非华东野战军主力，本来只是协同作战。但由于国民党军队溃败得太快，粟裕、张震遂于4月22日24时致电该军：“如南京之敌逃窜，则35军应即渡江进占南京，维持秩序，保护敌人遗弃之一切公私财产。”电报中还特别嘱咐：“该军应特别注意遵守政策，严肃城市纪律。”35军原先没有渡江任务，手里一条船也没有。接到命令后，全军上下顿时忙碌起来，到处寻找船只。4月23日下午，103师侦察连在浦口的小河汊里找到一只小划子，经再三动员，船主表示愿意送他们过江。请示军部同意后，103师侦察班长魏继善带着四个侦察兵，在火力掩护下渡江。17时左右到达下关码头，看见江边并无国民党军队的踪影，连忙用旗语制止射击。他们找到下关发电厂，在地下党组织的帮助下，带领工人将“京电号”“凌平号”运输艇、水上警察局的3艘巡艇，还有下关轮渡公司的十几艘大小机动船，开到浦口码头等候。至第二天凌晨3时，35军的1。5万人就全部到达下关。整顿军容后，开始入城接管南京。
下关码头为何没有国民党军队的踪影呢？这一方面是因为汤恩伯秉承蒋介石的旨意，原本就没有打算守卫南京；另一方面也是中共地下党里应外合的结果。下关狮子山有一座江宁要塞第一炮台，负责封锁长江，是解放军攻占南京的重要障碍。炮台台长、地下党员胡念恭早就精心策划，将炮弹用水浸潮，在解放军渡江前几天，对前来检查的江宁要塞司令报告“弹药受潮，火炮不能射击”，上司看到受潮的炮弹，信以为真。当解放军追击到浦口时，胡念恭又以同样理由搪塞，未发一弹。当上级命令撤退时，胡念恭带着士兵和武器投奔了解放军。
中共南京地下党还动员各方力量，迎接南京的解放。他们做通了首都电厂厂长陆法曾和工程师陆佑曾的工作，成立护厂纠察队，粉碎了特务要炸电厂的阴谋。4月22日，电厂职工在枪炮声中进厂发电，保证了南京解放时的正常发电。自来水厂工人坚守岗位，既保护了厂，又保证了市民饮水的供应。南京电讯局坚持正常营业，保持电讯畅通。由地下党员团结2000多名警员组成人民警察总队，在市内巡逻放哨。4月22日下午，敌军工兵准备炸老江口的火车轮渡栈桥，正在老江口水上警察局岗楼执勤的地下党员潘逸舟，一面喊话示警，一面用机枪扫射，阻止破坏。共产党员林大宗带领起义警察奔向栈桥，吓退敌工兵。同时，策动原来的警察继续维持治安。东区警察局副局长周春萱被动员后，以“南京地下工作团”名义，带领1000多名警察在主要干道上执勤，维持秩序。
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